A palántanevelés során előforduló jelentős gombás betegség a palántadőlés, melynek kórokozója a Rhizoctonia solani. Tünetei a korai időszakban jelentkeznek, sziklevelek és a gyökér a talajszinten befűződik, a palánták kidőlnek. A kifejlett növény gyökérnyaki részén parásodás észlelhető, amely éppen a termésképzés idejére eltörhet, a növény elszárad. Védekezni ellene gombaölő készítményekkel lehet beöntözéssel. Fizikai védekezés is lehetséges, amely a gőzölés, hőlégsterilizálás. Az eljárás költséges.

A következő betegség, amely minden kertész számára ismert az a lisztharmat (Leveilulla taurica). E kórokozó a növényben él, és csak a szaporítóképleteit, azaz konídiumait hozza létre a növény felületén. Magas relatív páratartalmat és magas, 26-31 °C körüli hőmérsékletet kedvel. Ellene a rendszeres szellőztetésen túlmenően a kiültetés utáni védekezés kizárólag szisztémikus hatású szerekkel jöhet számításba 10 naponként ismételve.

A paprika fertőző fuzáriumos hervadását több kórokozó is előidézheti. A Fusarium solani, illetve a Fusarium dahliae. A kórokozók a beteg növényi maradványokban vagy a talaj szerves anyagain szaprofitonként telelhetnek, a talajból kiindulva fertőzik a gyökereket. A Fusarium fajok melegkedvelők (hőoptimumuk 28 oC), míg a Verticillium fajok hőigénye alacsonyabb (20-23 oC). Ennek megfelelően Fusarium okozta tracheomikózissal meleg, száraz nyarakon találkozhatunk, míg a Verticillium fajok okozta verticilliózis jelentkezése hűvösebb, csapadékosabb időjárás esetén valószínűsíthető. A fertőzött növény lankad, később a levelek gyorsan sárgulnak, összezsugorodnak, barnán elszáradnak. A száradó levelek egy ideig a növényen maradnak, majd lehullanak. A beteg növények szárának alsó harmadát felvágva az edénynyalábok barnás elszíneződése látható. Védekezés ellene vetésváltással lehetséges, illetve talajfertőtlenítő eljárásokkal.

A paprika botrítiszes betegsége (Botrytis cinerea) a száron, az oldalhajtásokon és termésen magas relatív páratartalom esetén telepedik meg. A száron vizenyős, kávébarna folt keletkezik, rajta megjelenik a szürke penészgyep. A rothadó bogyó felületén megjelenik a szürkés sporulálás. Védekezni ellene a hajtatott paprikában rendszeresen szellőztetéssel és szisztémikus növényvédőszerekkel lehetséges.
A paprika alternáriás szárazkorhadása a termés falán, leginkább a csúcsi részen, gyakran a napégéssel összefüggésben jelentkezik az alternáriás termésrothadás. A folton barnásfekete bársonyos penészgyep jelenik meg, a termés nedves időben elrothad, száraz időben mumifikálódik. A betegség csak a bogyón fordul elő. A magházban a magvak felületén sötétszürke, vattaszerű bevonat figyelhető meg. A magvak elbarnulnak. A paradicsomalakú (pritamin) paprikánál az alternáriás magházrothadás hamarabb előfordulhat, mint más paprikaféléknél. A bogyó a bibetájon rosszul záródik, így akadálytalanul jut a gomba a magházhoz, ahol annak rothadását eredményezi. A napjainkban termesztett hibrid pritaminpaprikáknál, fóliás termesztésnél nem figyelhető meg ez a betegség.